L'utility RSH é stata quindi configurata e resa attiva su tutti i nodi nel seguente modo. Su ogni macchina del cluster sono stati editati i files /etc/xinetd.d/rlogin e /etc/xinetd.d/rsh, questo perché sono gestiti da un altro demone chiamta xinetd. Nei files di configurazione é bastato cambiare l'attributo che era impostato alla variabile disable da no a yes. Una volta fatto ripartire il demone xinetd il servizio é attivo.
Come detto in precedenza RSH, al momento della connesione, richiede un'autentificazione da parte dell'utente; una procedura che non permette all'mpirun di compiere la propria funzione. Si é dovuto quindi configurare i vari nodi in modo che la connessione RSH non richieda l'autentificazione. Per far questo si é andato a configurare il file /etc/hosts.equiv inserendovi tutti i nomi dei nodi, sia globali sia locali. Il sistema operativo considera i computers scritti dentro a questo files come nodi affidabili e quindi senza bisogno di autentificazione.
La stessa funzione del RSH poteva essere svolta anche da un'altra utility chiamata SSH, Secure Shell. Questa utility crea comunicazioni sicure criptando le informazioni passate sulla rete. La criptazione delle informazioni, peró, fa si che la quantitá di dati da trasferire aumenti. In considerazione del fatto che all'interno del cluster non si attuano policy di sicurezza di alto livello, usare ssh comporterebbe traffico di rete inutile. É stata comunque installata e resa attiva anche l'utility SSH perché offre degli strumenti di amministrazione molto comodi.